Le supercalculateur qui régit Lyoko a été infecté par un virus, XANA, qui veut contrôler le monde. Sur Lyoko, une créature virtuelle nommée Aelita se bat contre XANA, mais elle ne peut pas le faire seule et a demandé de l'aide à une bande d'étudiants sur Terre. Maintenant, XANA veut détruire la Terre et lance des attaques via 40 tours éparpillées dans le monde numérique. Trouve les 40 tours et désactive-les, tu pourras ainsi stopper XANA une bonne fois pour toutes ! 
Mettant l'accent sur le jeu en équipe, la résolution d'énigmes, l'exploration et le combat, Code Lyoko fournit un environnement très riche, fidèle au dessin animé. Le destin de Lyoko et celui de la Terre sont entre tes mains, alors combats, explore et trace ton chemin jusqu'à la victoire dans cette aventure RPG à travers le monde numérique !