La première scène démarre sur le Professeur Hopkins qui arrive dans un temple sous-marin, et y fait une découverte surprenante.

Cette saison prend place directement après que Yugi ait gagné contre Marek en final du tournoi de Kaiba... Yugi est donc en possession des trois dieux : Râ, Osiris et Obelisk, il est donc prêt pour exécuter le rituel qui permettra au Pharaon de retrouver sa mémoire. Il décide de partir seul au musée de domino ville, car c'est la que se trouve la Weiju, la pierre qui lui permettra de retrouver la mémoire, mais il est rejoint par Tristan, Téa et Joey, qui ne veulent pas le laisser seul. Yugi a donc le soutient de ses amis, il se présente devant la Weiju, brandit les cartes divines, mais une étrange personne, sur un île éloignée, active un rituel, et des trois cartes divines sortent des éclairs, Yugi souffre un peu, et la Weiju se scelle dans une sorte de glace, Pharaon ne peut plus retrouver sa mémoire !!!

Mais le plus surprenant c'est que des monstres de duel apparaissent un peut partout dans la ville, Kaiba est d'abord soupçonné, car c'est lui le producteur de duel de monstre, mais il s'avère que ce n'est pas lui. Plus tard dans la nuit, Yugi se fera voler les trois dieux, il poursuivra les voleurs avec Joey, Tristan et Téa, et se retrouverons face à une personne se nommant Gurimo... Pharaon engage le duel pour retrouver ses dieux, mais Gurimo n'est pas seul, il est accompagné de trois autres personnages : Raphaël, Varon et Amelda...

Lors de ce duel, Pharaon devra affronter Obélisk et une nouvelle carte au pouvoir étrange Orichalcos no kekkai. Pharaon remportera le duel, mais péniblement. Mais à son étonnement il verra l'âme de Gurimo être emportée, et ne retrouvera pas les cartes divines... Il comprendra alors l'effet de Orichalcos no kekkai, qui est une carte terrifiante, puisqu'elle transforme le duel en un duel à mort, le perdant se verra retirer son âme !!!

Les trois mystérieuses personnes partent, mais ils connaissent l'existence du Pharaon !!!

Le lendemain Yugi arrive au musée et découvre Rebecca, le Professeur Hopkins l'attendait et lui aussi il connaît l'existence du Pharaon, il commence à parler, et raconte qu'un mal venu de l'Atlantide approche, mais qu'il a aussi découvert des choses étranges, des choses sur trois dragons légendaires...

De plus les trois hommes qui avaient suivis le duel, arrive sur une île et donnent les trois dieux à Dartz leur maître qui active un rituel pour ressusciter son dieu !!!

Durant la nuit Yugi rêve, et se retrouve avec le Pharaon dans un monde étrange, le monde des monstres de duel, ils se retrouvent face à la Magicienne des Ténèbres et celle-ci leur demande de l'aide, ils doivent battre le méchant, l'homme venu de l'Atlantide afin de sauver les monstre de duel. Elle les amène dans une salle où se trouvent 3 dragons scellés dans la glace, Yugi et le Pharaon entre, et retire une épée, l'un des dragons se réveille...

Yugi se réveille dans sa chambre, mais dehors un oeil géant sort du ciel, Yugi sort de sa maison avec le disque de duel à la main et se présente face au monstre, il pioche une carte c'est le dragon, personne ne connaît son nom, sauf lui qui l'appelle Timaeus, Yugi détruit l'oeil.

S'en suivent plusieurs événements, Yugi, Joey, Tristan et Téa reçoivent une invitation de Pegasus, Kaiba lui part avec Mokuba à la rencontre de Pegasus pour connaître la cause de l'apparition des monstres de duel. Kaiba arrive, et engage un duel contre Pegasus, il se rend compte que ce n'est pas lui, et découvre que c'est en faite Amelda, elle veut se venger de lui et de sa société. Yugi et les autres tombent dans un piège et Joey doit se battre à contre coeur contre Maï qui est tombée du mauvais côté, et qui a déjà pris l'âme de Pegasus !!!

Kaiba fait match nul contre Amelda, mais il a faillit perdre, il s'en sort car c'est lui le deuxième élu, il libère le dragon Critias, de même pour Joey qui voit son duel annulé à cause de Varon. Il est lui aussi un élu et il libère Hellmos !!!

Voici pour le début de la saison, mais bon pour le reste je ne vais pas tout vous dire quand même !!!